继上一次的怪兽高燃对战之后,金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁,并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时,上古之战的面纱也将会被揭晓,而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物,并深刻影响了人类世界的命运。
第一集中,变异人在X教授的指挥下,将邪恶的万磁王打入冷宫,但是依然得不到社会的承认。在一次政治要人遭到暗杀后,所有的矛头又一次指向变异人。这一次,X教授也感到压力大增,以致于跟美国总统都要就此事进行磋商。一个拥有很高声誉的前将军,率领着反对变异人的联盟连续对x教授施压。万磁王在这种情况下,不得不寻找与X教授联手抵抗前将军的方式。金钢狼的身世也将在本集中进一步揭开。
英国人类学家克里斯(克里斯托弗·李 Christopher Lee 饰)在中国东北地区发现一个冷冻的人型怪物,并将它带上前往欧洲的列车。然而,在半途中,这个怪物解冻并开始猎杀列车上的乘客,吸取他们的脑浆,导致了恐怖的场面。 尽管车上有军队介入并成功杀死了怪物,但它的意识却转移到了另一个人的身体上,导致杀戮继续。更加可怕的是,它还能够将已经死去的人复活并变成活死人来为它效命。面临如此绝望的局面,幸存的乘客们决定采取极端措施,销毁火车,以终结这一恐怖事件。故事展示了人类在面对未知和恐怖时的极端反应,以及他们为生存而采取的极端行为。