晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
斗魂圣地一战之后，为了拯救枯萎的灵界灵树，六支浇灌灵树灵液化作灵树之种，由紫染苍麟带回灵界的灵树圣地栽种。 谁知两人在圣地却遭到月族长老镜影花的袭击，镜影花欲吸收灵树之种的力量完成自己的野心，在苍麟拼死牵制下，紫染带着灵树之种开始逃亡，在被追杀途中意外碰到了从地界过来灵界的斗魂卫张山峰一行人。 得知镜影花要吸收灵树之种然后反攻地界的野心，斗魂卫一行人决定要保护紫染回灵树圣地种下种子。
古争锋本是守护神龙星的神龙，在上古与外星敌人的战斗中身受重伤故陷入了长久的沉睡。时光荏苒，再度苏醒的古争锋发现神龙星早已物是人非，而昔日受人敬仰的神龙也成了人们口中的恶龙，为了调查真相，也为了取回藏在龙王学院的宝藏，古争锋化为人形以导师的身份进入龙王学院，却阴差阳错地成为屠龙系的老师，为此古争锋一面悉心教授学员，一面努力找寻宝藏，几番调查下，古争锋发现龙王宝藏的知情人皆已离世，眼下唯一的线索可能在副院长夜江雪的手中。在接近夜江雪的过程中，古争锋多次出手协助，让夜江雪沉寂已久的内心泛起一丝涟漪，而与此同时，古争锋也被一股神秘力量盯上，躲避了多次暗杀行动后，古争锋感觉旧时的威胁正在逐步逼近，而找寻宝藏恢复力量，锻炼学员组成新的神龙军团抗击敌人迫在眉睫……
凭借魄力和勇气，凡体少年萧云在顿悟系统的帮助下，参加神体大能争夺大帝资格的战斗。可是，百万年前的大帝为何认识他！？未来的他为何留下笔记！？顿悟系统的真正来历又是如何！？所有平行世界将面临巨大危机，唯一拯救者是被众神召唤而来的地球少年！
