在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
卡修斯和无尽能源都被布莱克精灵夺走，罗杰船长下令找到布莱克，夺回无尽能源……
上古神兽貔貅皮皮来到了人间，为了躲避人类追捕，逃到了好友四不像开的专门帮助神兽的鹿人店，并结识了一群来自四面八方，性格各异的神兽，开始了远离人烟，轻松惬意的日常。
若干年前，号称城市三大高手之一的龙泽所率领的团队败给了利用阴谋取胜的泰坦。今天，为了能够打败不可一世的泰坦，龙泽的孩子龙然龙襄姐弟踏上了集合伙伴的征程。两人寻找当年的前辈和现在的强者，克服各种困难请他们回归和进入。之后，在战国博士的强力训练下，龙然与伙伴们得到了巨大的提升。与兽神队战斗并成为战友，最后，在与泰坦的战斗中，历经各种困难考验，取得最终的胜利。
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