神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
飞贼风铃儿与商贾之女白钰袖一同结伴闯荡江湖，殊不知在她们的背后正孕育着一场巨大的阴谋。
在一颗名为“赤星”的行星上，人类移民政权天柱会，利用名为“苍寰晶石”的神秘物质，建造了能够改造大气的装置——“浑天”。 十年前的一次动乱中，“苍寰晶石”不翼而飞，“浑天”计划被迫终止。十年后，一支名为“黄金军团”的反抗军突然出现，随即迅速占领了天柱会最重要的矿镇，“苍寰晶石”再次现世，并被改造为能够毁灭整个星球的武器。 为拯救赤星，天柱会疾风、星火两兄弟，走上了打败黄金军、夺回苍寰晶石的旅程。然而，等待着两个年轻人的，除了险象环生的危机、各怀心思的同伴、被掩盖的赤星历史，还有藏在弟弟星火背后不为人知的秘密
本部的故事不仅描绘了长城守卫军以及都护府的日常生活，还从不同阵营角色的视角来展现云中漠地的生活场景。不管是驻守边疆的长城守卫军，还是劫富济贫的马帮阵营，无论是家乡已荒芜一片的百年古人还是流浪在外的落魄王子，每个人都有自己要守护的那方天地，为了守护和平的生活，为了守护彼此的梦想，为了守护消逝的文化，为了守护家乡的人民……一个人的力量虽然有限，但守护彼此的信念却令他们无坚不摧。正是这份信念，让原本是陌生人的他们彼此欣赏，惺惺相惜，并收获了超越物质的“宝贵财富”。
