在《纳米核心》的里世界中，各位主角配角以及龙套们，都要在“纳米学院”中学习生活。大家在这个世界不那么认真地上课、考试、过着奇奇怪怪的校园日常，并不正经地保护着这个世界，以及不停地用各自的方式向大家“表示友好”。
4000年前，出逃王宫的商朝王孙有莘不破救下太一宗弟子江离，两人结伴游荡荒原，入商队、遭异兽、遇天劫，属于少年的冒险正在展开。在他们的身后，王朝交替、山雨欲来，夏商之间爆发了一场有史以来最伟大的战争。命运的齿轮开始转动，那些天赋异禀的少年，早已身在局中。
天武大陆第三强者，破军武帝古飞扬被世界规则所限，修为困在九天武帝境多年，难以突破。为了摆脱困境，借助神霄宫主曲红颜对自己的爱慕，布下惊天大局，以域外魔气为祭，转世重修。转世之后名为李云霄，是天水国一名15岁少年，也是元帅府李家的嫡长孙。此时天水国外有强敌入侵，内有王子夺嫡，而掌握兵权的李家也成为危机旋涡的中心。面对众人的争权夺利，李云霄站在更高的维度，从容破局。因为他深知，在这个武道至上的世界，一切伟力归于自身，他的目标自始至终只有一个，完成前世布局筑造神境根基。
